.............П.е.р.е.х.о.д.ы. * (начало)
  • СТФ
  • CCS
  • PIC MCU
  • DataBases
  • Soft
  • PHYSGR - графика для Паскаля
  • prikol'ы
  • .............................
    ...З.а.г.р.у.з.ы..
    * Delphi-small [2,57 MB]

    * Small djvu- viewer [1,6 MB]

    * miranda 0.3.3.1 [0.7 MB]

    -----------------------------

    ............................
    sciDAVis - free analog of Microcal ORIGIN!!! ............................

    -=-=- - - - - - - - - - - - - - - - - - -
    Переводчик онлайн
    с на

    __а_ўR¤зЁЄ R-< c-


    Музыка, исполненная с душой - сайт композитора Дмитрия Красноухова
      Персональний сайт композитора та журналіста Романа Коляди
    Whisperings Solo Piano Radio
     

    :)
    Ні другій державній російській мові!
    Розмістіть на своєму сайті!
    <img src="http://www.bioorganica.org.ua/no_ru_234x60_red.gif"
    alt="Ні другій державній російській мові!" border="0">


    MyCounter - Ваш счётчик
    Погода в Украине
    Киев
    rp5.ua

     
    Прогноз магнитных бурь для г. Киев

    ИЗМ им. Н.В.Пушкова РАН

     
    Обратная связь: Comments/questions/suggestions

    Who am I

    Hi! I'm Tymofii Nikolaienko, a PhD working in the field of biophysics at the Faculty of Physics of the Taras Shevchenko National University of Kyiv.

    My current scientific interests cover a wide range of electronic structure theory (quantum-chemical methods) and its application to biologically active molecules and non-covalent interactions. I'm working not only on theoretical developments, but also work on their implementation as a computer programs (e.g. JANPA).

    Earlier I was applying quantum chemical methods (mainly DFT) in my PhD project for an investigation of physical properties of the DNA structural units (canonical 2'-deoxyribonucleotides). An exhaustive conformational analysis had been performed for each molecule (i.e., automated structure generation, parallel computation management and statistical data analysis), and then its physical properties were studied (including intramolecular non-covalent interactions, vibrational spectra, atomic charges etc.).
    Now my efforts are also related to the hydrogen bonding investigation (strength/energy evaluation techniques etc.) and studying of molecular flexibility. I'm also intrigued with the problems of the DNA-drug interactions, basic physical mechanisms of drug action and related fields.

    Selected publications:

    1. T. Yu. Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. Can we treat ab initio atomic charges and bond orders as conformation-independent electronic structure descriptors? // RSC Adv. - 2016. - Vol. 6. - P. 74785-74796. DOI: 10.1039/C6RA17055B
    2. Y.P. Yurenko, J. Novotny, T.Yu. Nikolaienko, R. Marek. Nucleotides containing variously modified sugars: energetics, structure, and mechanical properties // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2016. - Vol. 18. - P. 1615-1628. DOI: 10.1039/C5CP05478H
    3. T. Yu. Nikolaienko, E. S. Kryachko. Formation of dimers of light noble atoms under encapsulation within fullerene’s voids // Nanoscale Research Letters. - 2015. - Vol. 10. - P. 185. DOI: 10.1186/s11671-015-0871-x
    4. T. M. Mukhina, T. Yu. Nikolaienko. The effect of chlorination of nucleotide bases on the conformational properties of thymidine monophosphate // Ukr. Biochem. J. - 2015. - Vol. 87, N 2. - P. 141 - 155.
    5. PDF
    6. T. Yu. Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. JANPA: An open source cross-platform implementation of the Natural Population Analysis on the Java platform // Computational and Theoretical Chemistry. - 2014. - Vol.1050. - P. 15-22. DOI: 10.1016/j.comptc.2014.10.002
    7. А. І. Самцевич, Л. А. Булавін, Л. Ф. Суходуб, Т. Ю. Ніколаєнко. Взаємодія нуклеотидних основ ДНК із протипухлинним препаратом ТіоТЕФ: молекулярний докінг та квантово-механічний аналіз // Ukr. Biochem. J. - 2014. - Vol. 86, N 2. - C. 50 - 59
    8. T. Yu. Nikolaienko, L. A. Bulavin, L. F. Sukhodub. The Complexation of the Anticancer Drug ThioTEPA with Methylated DNA Base Guanine: Combined Ab Initio and QTAIM Investigation // Molecular Informatics - 2014. - Vol. 33, Issue 2. - P. 104 – 114, DOI: 10.1002/minf.201300059

    9. Т.Ю. Ніколаєнко, Л.А. Булавін, Д.М. Говорун. Ефективні атомні заряди канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів та їхня залежність від конформації // Український фізичний журнал. – 2012. – Т. 57, № 10 – С. 1024–1029.
      PDF (UA)
      English version: T.Yu. Nikolaienko, L.A. Bulavin, D.M. Hovorun Effective atomic charges of canonical 2'-deoxyribonucleotides and their conformational dependences // Ukr. J. Phys. - 2012. - Vol. 57. - P. 1024-1029. PDF (ENG)
    10. T. Yu Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. Structural flexibility of DNA-like conformers of canonical 2'-deoxyribonucleosides // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2012. - Vol. 14. - P. 15554-15561, DOI: 10.1039/C2CP43120C
      view at publisher's
    11. T. Yu Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. Bridging QTAIM with vibrational spectroscopy: the energy of intramolecular hydrogen bonds in DNA-related biomolecules // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2012. - Vol. 14. - P. 7441-7447, DOI: 10.1039/C2CP40176B
      view at publisher's pdf
    12. T. Yu. Nikolaienko, L. A. Bulavin, D. M. Hovorun. How Flexible are DNA Constituents? The Quantum-Mechanical Study // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 2011. - Vol. 29, Iss. 3. - P. 563 - 575.
      PDF (for limited presonal use only!)
    13. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун. Структурна гнучкість ДНК-подібних конформерів канонічних 2'-дезоксирибонуклеотидів // Український біохімічний журнал. - 2011. - т. 83, № 5. - С. 48 - 58.
    14. PDF
    15. Т.Ю. Ніколаєнко, Л.А. Булавін, Д.М. Говорун. Структурні та енергетичні властивості молекули (3S,4R)-3,4,5-тригідроксипентаналу за даними квантово-механічних розрахунків // Ukrainica Bioorganica Acta. - 2011. - Том 9, № 1. - С. 3-11.
    16. PDF
    17. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун. Конформаційна ємність молекули 5'-дезоксіаденілової кислоти: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини // Український біохімічний журнал. - 2011. - Том 83, №4. - С. 16 - 28.
    18. PDF
    19. Т. Ю. Николаенко, Л. А. Булавин, Д. Н. Говорун. Квантово-механическая интерпретация ИК спектра молекулы 2-дезокси-D-рибозы в области валентных колебаний OH-групп // Журнал прикладной спектроскопии. - 2011. - Том 78, №5. - С. 805-808.
      PDF (scanned), original: see http://elibrary.ru/item.asp?id=16566802
      T. Yu. Nikolaenko, L. A. Bulavin and D. N. Govorun. Quantum mechanical interpretation of the IR Spectrum of 2-deoxy-D-ribose in the oh group stretching vibration region // Journal of Applied Spectroscopy . - 2011. - Volume 78, Number 5, 751-754
      doi:10.1007/s10812-011-9528-4
    20. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун. Квантово-механічне дослідження конформаційних можливостей молекули 5'-дезоксигуанілової кислоти // Biopolymers and Cell. - 2011. - Vol. 27. N 4. - P. 291 - 299.
    21. PDF
    22. Т.Ю.Ніколаєнко, Л.А.Булавін, Д.М.Говорун. Вичерпний квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2-дезокси-D-рибопіранози // Ukrainica Bioorganica Acta. – 2010. – т.8, № 2. – С. 8–16.
    23. PDF
    24. Л.А. Булавин, Т.Ю. Николаенко, Д.Н. Говорун. Определение энергии внутримолекулярных водородных связей O–H···O по распределению электронной плотности // Вісник СевНТУ. — Сер. Фізика біологічних систем і молекул. – 2011. – Вип. 113. – С. 41–45.
    25. PDF
    26. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун, О. О. Мисюра. Конформаційне різноманіття і фізичні властивості 1,2-дидезоксирибофуранози-5-фосфату – модельної мономерної ланки ДНК // Український біохімічний журнал. - 2011. - том 83, №1. - С. 54 - 62.
    27. PDF PMID: 21800649
    28. Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун. Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 5'-тимідилової кислоти // Український біохімічний журнал. - 2010. - том 82, №6. - С. 76 - 86.
    29. PDF PMID: 21805865
    30. Ніколаєнко Т.Ю., Булавін Л.А., Говорун Д.М. Аналіз конформаційних можливостей молекули 2-дезокси-D-рибофуранози квантово-механічним методом функціоналу густини // Biopolymers and Cell. – 2011. – том 27, №1. – С. 74 – 81
      PDF Abstract
    31. Булавін Л.А., Говорун Д.М., Ніколаєнко Т.Ю. Внутрішньомолекулярні водневі зв’язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини // Доповіді Національної академії наук України. – 2010. – №10. – С. 166—178.
      PDF
    32. Ніколаєнко Т.Ю., Войтешенко І. С., Булавін Л.А., Говорун Д.М. Визначення коефіцієнтів жорсткості для колективних ступенів вільності біологічних молекул // Вісник Київського університету. Серія: фізико-математичні науки, 2010. — №2. — С. 279 – 282
      PDF
    33. Ніколаєнко Т.Ю., Говорун Д.М. Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти – структурної ланки ДНК // Доповіді Національної академії наук України. – 2010. – №9. – С. 173 — 184.
      PDF
    34. Ніколаєнко Т.Ю., Булавін Л.А., Говорун Д.М. Структурна мінливість біологічних молекул, спричинена їхніми нормальними коливаннями // Доповіді Національної академії наук України. – 2010. – № 7. – С. 61-69.
      PDF
    35. Ніколаєнко Т.Ю., Булавін Л.А., Говорун Д.М. Структурно-динамічні особливості модельних цукрово-фосфатних залишків 3'-дезоксирибонуклеотидів // Доповіді Національної академії наук України. – 2009. – №12. – С. 75– 82.
      PDF
    36. Булавін Л.А., Ніколаєнко Т.Ю., Говорун Д.М. Структурна нежорсткість молекули ортофосфорної кислоти: неемпіричне квантово-механічне дослідження // Доповіді Національної академії наук України. – 2009. – №10. – С. 80 – 87.
      PDF
    37. Л.А.Булавин, Т.Ю.Николаенко. Такое разнообразное жидкое состояние // Страна Знаний. — 2010. — №2. — С. 23 — 27.
      PDF
    38. Д.В. Соловйов, Л.А. Булавін, В.І. Горделій, Ю.Є. Горшкова, О.І. Іваньков, Ю.С. Ковальов, А.І. Куклін, Т.Ю. Ніколаєнко. Нейтронні дослідження баричної залежності структури ліпідного бішару // Ядерна фізика та енергетика. - 2012. - Т. 13, №1. - С. 83-88
      PDF

    Contact me:

    Social networks: E-mail: timmailukr.net

    More information

    Career & Education:

    Skills:

    • Strong background in physics (PhD since 2012) and mathematics
    • Experienced scientific software developer (Java, Object Pascal/Delphi, C for PIC microcontrollers, JavaScript) and development tools user (GCC, LaTeX, *nix shell)
    • Radioelectronics engineering
    • Computer simulation software advanced user (Gaussian, Orca, NwChem, CFour, Psi4)
    • Teaching/lecturing abilities
    • Technical English (B2)

    Awards:

    • Annual prize of the President of Ukraine for young scientists (2013)
    • Ukrainian Government scholarship recepient (2010-2012)
    • Mykhailo Biliy medal (2009)
    • Victor Pinchuk Foundation scholarship recepient (2008-2009)

    Software development activity:

  • the JANPA project home page
  • see alsoComputational Chemistry Software subpage
  • Trainings/Schools/Seminars:

    • The Summer School on 'European RTDI policies, instruments and participation possibilities' (September 15-18, 2014, Kyiv, Ukraine) in the framework of BILAT-UKR*AINA project
    • The 'SHAD' school on data analysis run by Yandex (September 2014 - June 2016)

    Boards:


    Find me in Scopus: Author ID = 37017559900